Bộ môn Thực vật có nguồn gốc từ Phòng Thực vật được thành lập tháng 9 năm 1956. Năm 2018, để đáp ứng yêu cầu phát triển sự nghiệp đào tạo và nghiên cứu khoa học, Bộ môn đổi tên thành Bộ môn Khoa học Thực vật. Bộ môn Sinh lý – Hóa sinh được thành lập năm 1966 và đến năm 1978 được tách thành Bộ môn Sinh lý Thực vật và Bộ môn Hóa Sinh học. Năm 2002, hai Bộ môn nhập lại thành Bộ môn Sinh lý Thực vật và Hóa sinh. Tháng 11 năm 2019, chuyên ngành Sinh lý học Thực vật được tách ra và sát nhập với Bộ môn Khoa học Thực vật.
Bộ môn Khoa học Thực vật hiện có 9 cán bộ, bao gồm 1 PGS.TS., 7 TS. và 1 ThS., đang phụ trách giảng dạy nhiều môn học thuộc chuyên ngành Thực vật học và chuyên ngành Sinh lý học Thực vật cho các khung chương trình đào tạo của Khoa Sinh học như Sinh học chuẩn, Sinh học đạt chuẩn Quốc tế, Công nghệ sinh học, Công nghệ sinh học chất lượng cao, Tài năng sinh học. Bộ môn cũng đảm nhiệm và tham gia đào tạo sau đại học cho Thạc sĩ chuyên ngành Thực vật học, chuyên ngành Công nghệ sinh học, đào tạo Tiến sĩ chuyên ngành Thực vật học và chuyên ngành Sinh lý học Thực vật. Ngoài ra, các cán bộ trong Bộ môn còn giảng dạy cho khung chương trình đào tạo Sư phạm sinh học, bồi dưỡng học sinh giỏi dự thi Olympic Sinh học Quốc tế. Bên cạnh việc giảng dạy, các cán bộ trong Bộ môn đã và đang phát triển các hướng nghiên cứu về đa dạng và bảo tồn nguồn gen, điều tra và đánh giá nguồn tài nguyên thực vật, phát triển các nguồn dược liệu quý, đánh giá tính chống chịu stress của thực vật, nuôi cấy mô tế bào và ứng dụng, nghiên cứu và đánh giá các thực vật chuyển gen.