Bộ môn Động vật học ứng dụng, tiền thân là bộ môn Động vật không xương sống, được thành lập từ năm 1961. Trọng tâm giảng dạy và nghiên cứu khoa học của Bộ môn là về đối tượng động vật không xương sống, theo các lĩnh vực: phân loại học, đa dạng sinh học, sinh học, sinh thái học của các nhóm động vật không xương sống quan trọng trong các hệ sinh thái tự nhiên nông nghiệp, y học, phòng trừ động vật không xương sống có hại…
Tháng 12 năm 2017, Bộ môn được đổi tên thành Bộ môn Động vật học ứng dụng để phù hợp với quá trình phát triển các hướng nghiên cứu mới của bộ môn, trong đó nghiên cứu cơ bản gắn với định hướng ứng dụng, như quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học và nguồn lợi sinh vật, kiểm soát sinh học, kiểm soát sinh vật ngoại lai…